Pri studniach dochádza k tzv. prírodnému znečisteniu. Voda so sebou neustále splavuje rôzne mechanické nečistoty ako piesok, íl, bahno a koloidné látky napr. peľ, prach, jemne rozptýlené anorganické a organické častice, planktón a iné mikroskopické organizmy. Tieto nečistoty, látky a častice spolu s mangánom a železom, ktoré sú bežnou súčasťou prírodných vôd, vytvára v studni sedimenty, stenové usadeniny a dnové kaly, ktoré podporujú rast rias, baktérií a plesní. To všetko má negatívny vplyv nielen na kvalitu vody, alej aj na výdatnosť zdroja.
